石墨的內外必須干凈明亮。久燒后坩堝表面會暗沉，久燒會深入內部，導致坩堝敏感開裂。所以，要把不干凈的東西清理干凈。若表層仍有六點或發黑，用不含尖銳菱角的細砂按150目篩和自來水輕輕摩擦，使表層回復光澤度。  

    由于石墨坩堝具有相對密度高、耐熱、導熱快、耐腐蝕、高溫耐壓強度高、耐熱等特點，在整個使用過程中不可避免地要避免腐蝕性化學物質。石墨坩堝雖然具有抑酸抗堿底漆的工作能力，但坩堝使用后有些原料清理起來不方便。

    對于這些去除的化學物質，可以用稀鹽酸或稀硝酸煮沸。特別要注意的是，普通硫酸不應含有氰化鈉、磷酸鹽、鹵素等還原劑。如果稀硝酸還不能清洗，可以用焦硫酸鉀、碳酸鈉或硼砂進行熔化清洗。

    石墨坩堝清洗的主要工作是去除坩堝中的化合物，然后進行清洗。人們必須根據石墨坩堝中殘留的化學物質來決定用什么來清洗它。通常石墨坩堝上的附屬物是無機物點燃后的殘留物，人們可以用硫酸清洗。大部分是可溶的，但有些含碳成分的殘渣不能被硫酸溶解。這時可以用氰化鈉進行清洗。因為氰化鈉有很強的氧化性，所以是清潔劑。